Warum verwendest du für den Verweis auf Gleichungen nicht einfach den \eqref{}-Befehl
Siehe: http://de.wikibooks.org/wiki/LaTeX-K...#Referenzieren
Für dein Problem mit den Warnungen bei den Mathematischen Symbolen im Inhaltsverzeichnis gibt es den \texorpdfstring{}{}-Befehl.
Siehe: http://en.wikibooks.org/wiki/LaTeX/H...with_bookmarks
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