Hi Martin,
Du kannst auf das separate Einbinden von fontspec und xunicode
verzichten, da xltxtra sich schon darum kümmert.
Wie ich sehe nutzt Du das Paket libertine gar nicht sondern bindest einfach die Schriftart ein. Auf Zeichen, die libertine anbietet, kannst Du so nicht zugreifen, aber wenn man die nicht braucht, kein Problem.
Geht bei Dir \usepackage{libertine} nicht? Bei TeX Live 2013 müsste das doch eigentlich gehen.
Unter TeX Live 2013 hatte ich keinerlei Probleme mit libertine - ging zum Glück ohne Anpassungen des Codes.
Lesezeichen