Ich nehme jetzt einmal an (!), dass LyX im Hintergrund das Paket nomencl werkeln lässt. In diesem Fall sollte es irgendwie möglich sein, die Paketoption "intoc" zu ergänzen (anzukreuzen?). Falls nicht, sollte jedenfalls folgende Erweiterung meines "Evil Red Text" helfen (statt chapter nimm ggf. section):

Code:
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\markboth{Abkürzungs- und Symbolverzeichnis}{Abkürzungs- und Symbolverzeichnis}
lockstep