Die bookmarks sind doch bloß das aufklappbare Inhaltsverzeichnis im pdf-Reader. Die brauchst du doch wirklich nicht alle. Was die verschwinden Nummer ab Ebene 8 angeht: Das ist irgendein interessanter Bug in alphanum.

Wenn du wie im folgenden Code mal \J@Number umdefinierst, kannst du im toc sehen, dass sich alphanum dort um eine Tiefe verheddert. Wenn du in J@LongToc in der markierten Zeile statt -1em 1em benutzt, verschwindet das Problem.

Code:
\makeatletter
\renewcommand*{\J@Number}{Tiefe:\the\value{tiefe}\J@NumberRoot{\value{tiefe}}
   \J@NumberEnd{\value{tiefe}}}

\renewcommand*{\J@LongToc}[2][]{%
\@startsection{lvl\alph{tiefe}}{\value{tiefe}}{0pt}
{\ifnum\value{tiefe}=1 -4ex plus-1,5ex minus-0,ex\else
-2,7ex plus-0,8ex minus-0,2ex\fi}
{\ifnum\value{tiefe}>7 -1em plus-0,5em\relax\else %<--da
0,6ex plus0,3ex minus0,1ex\fi}
{\sectfont\csname lvl\alph{tiefe}style\endcsname}[#1]{#2}}

Ulrike Fischer