Vielleicht wäre es so oder so gut, die serifenlose Schrift des Dokuments der der Schemata anzupassen. Arial kann man offenbar mit urw-arial einbinden, das Paket ist aber weder in MiKTeX noch in TeX Live enthalten.
Als Alternative böte sich an, vielleicht Helvetica zu verwenden. Die Schrift sieht nicht gleich aber recht ähnlich aus.
Die Label werden momentan in die Mitte der Box gesetzt, die durch den temporären Marker erzeugt wird. Durch die \psfrag-Voreinstellung würden sie links ausgerichtet (das entspräche den optionalen Argumenten [Bl]: \psfrag{marker}[Bl][Bl]{label}.
Code:
\documentclass{article}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[scaled]{helvet}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[runs=2]{auto-pst-pdf}% lets us use pdflatex with eps graphics
\usepackage{chemnum,chemstyle}
\begin{document}
Im Text: \cmpd{eins,zwei}
\begin{scheme}
% umständlicher aber möglich: das manuelle Ersetzen der Marker
\cmpdsetup{cmpd-style=\sffamily}
\psfrag{TMP1}{\cmpd{eins}}
% der Default entpricht diesen Argumenten:
\psfrag{TMP2}[Bl][Bl]{\cmpd{zwei}}
\includegraphics{scheme}
\end{scheme}
\end{document}
Ich denke gerade darüber nach, bei chemnum eine Option anzubieten, die einen die Positionierungs-Optionen von \psfrag für \cmpdref wählen lässt... ich glaube, das wäre eine sinnvolle Erweiterung, z.B. für Fälle wie Deinen.
Dann könnte man z.B. etwas in der Art machen:
Code:
% global:
\cmpdsetup{ref-pos={Bl}{Bl}}
% oder lokal:
\cmpdref[ref-pos={Bl}{Bl}]{label}
Nachtrag: Version 0.5 von chemnum bietet nun die vorgeschlagene Option.
Gruß
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