Bei Verwendung von MiKTeX 2.9 gibt es AFAIK ein Problem im Zusammenspiel von TeXnicCenter und MakeIndex. Offenbar kann man aus irgendwelchen Sicherheitsgründen beim neuen MakeIndex keine absoluten Pfade für die zu erstellende ind-Datei mehr angeben. Das ist aber die Voreinstellung bei TeXnicCenter, wenn man ein Projekt mit MakeIndex hat bzw. MakeIndex aus TeXnicCenter heraus aufruft.

Bei MiKTeX 2.8 solltes es dieses Problem aber nicht geben. Dort sollte man MakeIndex ganz normal aus TeXnicCenter aufrufen können, um aus der idx-Datei eine ind-Datei zu generieren, die LaTeX beim nächsten LaTeX-Lauf dann bei \printindex anzeigt - vorausgesetzt man hat \usepackage{makeidx} und \makeindex in der Präambel nicht vergessen.