Es ist nicht verboten in die log-Datei zu schauen. Dort steht, was das Problem ist:

Code:
Requested font "[fxlr.otf]:Ligatures=TeX:+ccmp;+locl;+mark;+mkmk;+kern;+liga;+clig;+trep;+tlig" at 10.95pt
Unknown feature `Ligatures=TeX' in font `[fxlr.otf]:Ligatures=TeX:+ccmp;+locl;+mark;+mkmk;+kern;+liga;+clig;+trep;+tlig'.
libertine benützt in seinen fd-Dateien die Highlevel-Option "Ligatures=TeX" statt des korrekten "mapping=tex-text". Das ist ein Bug.