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Thema: Literaturverzeichnis via Biber wird nicht erstellt

  1. #1
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    Literaturverzeichnis via Biber wird nicht erstellt

    Hallo.

    Ich bin ziemlich neu was Latex angeht und habe mir alles mit Foren und Handbüchern beigebracht. Also bitte habt Nachsicht, wenn ich mit der korrekten Terminologie nicht so fit bin und mein folgendes Minimalbeispiel seinen Namen vermutlich nicht verdient.
    Ich schreibe meine Doktorarbeit und muss nun egentlich nur noch das Literaturverzeichnis anlegen. Da ich die Arbeit zuvor mitsamt aller Zitate bereits einmal unter Zuhilfenahme von Endnote mit MS Wordgeschrieben habe, habe ich prinzipiell schon alle Zitate im Text drin. Wenn also jemand eine Idee zur unkompizierten Einbindung meiner Datenbank in Form eines Literaturverzeichnisses hat, ohne dass noch irgendwelche Zitate im Text eingefügt werden, ist mir das auch recht.

    Jetzt aber zum eigentlichen Problem, für das ich leider noch keine befriedigende Lösung gefunden habe.

    Hier erstmal meine Präambel (Bitte entschuldigt die Länge der Präambel. Ich habe zum einen eine Reihe komplexer Bilder und Tabellen, zum anderen habe ich vermutlich auch viele zum Teil redundante Pakete eingebunden. Falls das Problem durch mangelnde Kompatibilität einzelne Pakete mit Biber/Biblatex verursacht werden sollte, tobt euch ruhig aus ;-) ):

    Code:
    \listfiles
    
    \documentclass[a4paper,12pt,twoside,rmfamily]{scrreprt}
    \usepackage[T1]{fontenc}
    \usepackage[left=3cm,right=3cm]{geometry}
    \usepackage[cp1252]{inputenc}
    \usepackage{mathptmx}
    \usepackage{calc}
    \usepackage{array}
    \usepackage{booktabs} %zusätzliche Tabellenoptionen
    \usepackage{multirow}
    \usepackage[capbesideposition=inside,facing=yes,capbesidesep=quad]{floatrow} %zB Tabellenschriften
    \floatsetup[table]{font={sf,footnotesize}} %Tabellenschrift SF
    \usepackage{chngcntr} %Paket für Tabellen- und Grafiklabel fortlaufend
    \counterwithout{figure}{chapter} %Tabellen- und Grafiklabel fortlaufend
    \counterwithout{table}{chapter}
    \usepackage[format=plain,textformat=period,singlelinecheck=false,font={footnotesize,sf},labelfont={bf},margin=.5cm,aboveskip=5pt,position=bottom]{caption}
    \usepackage[ngerman]{babel}
    \setkomafont{disposition}{\rmfamily}
    \usepackage{mathrsfs,amssymb}
    \usepackage[intlimits]{empheq}
    \usepackage{theorem}
    \mathchardef\Rightarrow="3229
    \DeclareMathAlphabet{\mathcal}{OMS}{cmsy}{m}{n}
    \usepackage{textcomp}
    \usepackage{parskip}
    \DeclareInputText{128}{\texteuro}
    \usepackage[pdftex]{graphicx} %Paket für Bilder und Grafiken
    \usepackage{subcaption}
    \usepackage{colortbl}
    \definecolor{meinBlau}{rgb}{0,0.32,0.58}%
    \definecolor{lightgray}{gray}{0.9}%
    \usepackage[pdftex]{graphicx}
    \usepackage{lscape}
    \usepackage[pdftex]{hyperref}
    \usepackage[svgnames,table,hyperref]{xcolor}
    \usepackage{arydshln}
    \usepackage{fancyhdr}
    \pagestyle{fancy}
    \fancyhf{}
    \fancyhead[cO]{\nouppercase{\sffamily\leftmark}}
    \fancyfoot[RO,LE]{\thepage}
    \renewcommand{\footrulewidth}{0pt}
    \renewcommand{\headrulewidth}{0,4pt}
    \renewcommand{\arraystretch}{1,1}
    \fancypagestyle{plain}{\fancyhf{}\fancyfoot[RO,LE]{\thepage}}
    \usepackage{csquotes}
    \usepackage[backend=biber,style=authoryear,sorting=nyt,minnames=1,maxnames=8]{biblatex}
    \addbibresource{c:/Steffen/Studium/Doktorarbeit/Doktorarbeit/masterbib.bib}
    
    \usepackage{filecontents} % Ein- oder Auskommentieren, siehe Hinweis unten
    \begin{filecontents}{masterbib.bib}
    @ARTICLE{Dalal2012,
      author = {Dalal, Jay S and Greene, Joshua B and Hofmeister, Craig C and Clark,
    	Ann Lau and Clark, Joseph},
      title = {{Phase I pilot study of oxaliplatin, infusional 5-FU, and cetuximab
    	in recurrent or metastatic head and neck cancer}},
      journal = {ASCO Meeting Abstracts},
      year = {2012},
      volume = {30},
      pages = {e16027},
      number = {15\_suppl},
      url = {http://meeting.ascopubs.org/cgi/content/abstract/30/15\_suppl/e16027}
    }
    
    @ARTICLE{Dandamudi2011,
      author = {Dandamudi, R K and Fresco, L and {Arden Cancer network}},
      title = {{Chemoradiotherapy for locally advanced head and neck cancers: Two-year
    	survival and toxicity outcomes from a regional cancer centre in UK}},
      journal = {ASCO Meeting Abstracts},
      year = {2011},
      volume = {29},
      pages = {e16020},
      number = {15\_suppl},
      url = {http://meeting.ascopubs.org/cgi/content/abstract/29/15\_suppl/e16020}
    }
    \end{filecontents}
    
    \begin{document}
    \tableofcontents
    \chapter{Fragestellung}
    Test \cite{Dalal2012}
    
    \chapter{Zusammenfassung}
    \printbibliography
    \listoftables
    \listoffigures
    
    \end{document}
    Ich versuche also meine .bib-Datei einzubinden und Biber über die Kommandozeile aufzurufen. Anschließend starte ich nochmal einen DUrchlauf mit Latex. Ich habe mal versuchsweise ein paar Zitate, so wie sie in meiner .bib-Datei angegeben sind (s.u.) eingefügt. Was jetzt passiert ist.... es passiert nix. Das gesamte Dokument wird wie gewünscht kompiliert, bis auf die Ausnahme der Zitate bzw. des Literaturverzeichnisses: aus "Dalal2012" wird kein anständig formatiertes Zitat, sondern im Text wird es nur fett gedruckt. Ein Literaturverzeichnis am Ende der Dissertation, wie von mir angegeben, ist auch nirgendwo zu finden.
    Ich habe so den Verdacht, dass es evtl. an der Eibindung meiner Datenbank liegen könnte, aber vielleicht fällt jemandem von euch ja ad hoc auch ein anderer Fehler meinerseits auf.
    @nixversteh: Achso, und ich benutze TeXWorks auf Windows 7, 64bit (sorry, dass ich das vergessen habe)
    Ich danke Euch schonmal VIELMALS im Voraus.

    Steffen
    Geändert von HanseDoc (04-07-2013 um 09:32 Uhr) Grund: Von User empfohlene Änderung

  2. #2
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    Biber etc.

    Hallo Steffen,

    willkommen im Forum.

    Also dein Code läuft beim mir fehlerfrei durch. Ich verwende gerade Texlive 2013 (noch nicht ganz ausgereift), Linux Mint Maya 13 und Texstudio 2.6.

    Ich vermute, du hast einen Windows-PC, Texdistri? und Editor? Vielleicht hast du Biber nicht eingestellt?

    Viel Erfolg

    Lieben Gruß

    Martin

    PS.: Den Code bitte per # Button einfügen
    Geändert von nixversteh (05-07-2013 um 06:42 Uhr)
    Der aus Büchern erworbene Reichtum fremder Erfahrung heißt Gelehrsamkeit. Eigene Erfahrung ist Weisheit. Das kleinste Kapital von dieser ist mehrt wert, als Millionen von jener.

    Gotthold Ephraim Lessing

  3. #3
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    Zeige den Inhalt der blg-Datei.

  4. #4
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    Hmmm... vielen Dank für den Tipp mit der blg-Datei. Ich kann damit zwar nix anfangen, sehe allerdings, dass dort anscheinend tatsächlich ein Fehler vorliegt. Hat jemand von Euch einen Rat hinsichtlich Konsequenzen?

    Inhalt von "Dissertation20130704.blg":
    Code:
    This is BibTeX, Version 0.99dThe top-level auxiliary file: Dissertation20130703.aux
    I found no \citation commands---while reading file Dissertation20130703.aux
    I found no \bibdata command---while reading file Dissertation20130703.aux
    I found no \bibstyle command---while reading file Dissertation20130703.aux
    (There were 3 error messages)
    Man Leute, kann man hier irgendwo was spenden? Sehe ja, dass Ihr Euchmit solchen Idioten wie mir auch noch in Eurer Freizeit herumschlagen müsst!!! Egal, ob mein Problem gelöst wird oder nicht: VIELEN DANK AN EUCH!!!

    Grüße,

    Steffen

  5. #5
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    Habe übrigens oben im Minimalbeispiel auch noch Änderungen vorgenommen. Vielleicht hilft das weiter.

  6. #6
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    Biber

    Zitat Zitat von HanseDoc Beitrag anzeigen
    Hmmm... vielen Dank für den Tipp mit der blg-Datei. Ich kann damit zwar nix anfangen, sehe allerdings, dass dort anscheinend tatsächlich ein Fehler vorliegt. Hat jemand von Euch einen Rat hinsichtlich Konsequenzen?

    Inhalt von "Dissertation20130704.blg":
    Code:
    This is BibTeX, Version 0.99dThe top-level auxiliary file: Dissertation20130703.aux
    I found no \citation commands---while reading file Dissertation20130703.aux
    I found no \bibdata command---while reading file Dissertation20130703.aux
    I found no \bibstyle command---while reading file Dissertation20130703.aux
    (There were 3 error messages)
    Man Leute, kann man hier irgendwo was spenden? Sehe ja, dass Ihr Euchmit solchen Idioten wie mir auch noch in Eurer Freizeit herumschlagen müsst!!! Egal, ob mein Problem gelöst wird oder nicht: VIELEN DANK AN EUCH!!!

    Grüße,

    Steffen
    Hallo Steffen,

    du hast Biber in deinem Code aufgerufen, aber dein Editor benutzt Bibtex ... das kann nicht gehen. Stelle deinen Ed. auf Biber um, wenn du nichtgenau weißt wie, dann nenne uns deinen Ed., wird sich bestimmt jemand finden, der dir hilft.

    Gruß

    Martin
    Geändert von nixversteh (04-07-2013 um 11:00 Uhr) Grund: Änderung
    Der aus Büchern erworbene Reichtum fremder Erfahrung heißt Gelehrsamkeit. Eigene Erfahrung ist Weisheit. Das kleinste Kapital von dieser ist mehrt wert, als Millionen von jener.

    Gotthold Ephraim Lessing

  7. #7
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    Ja, vielen Dank. u_Fischer hat mir freundlicherweise erklärt, dass ich Biber noch in meinen Editor (TexWorks) einbinden muss. Habe dort unter Einstellungen nun einfach über durchsuchen den Pfad von Biber angegeben.
    Nun bekomme ich auch den Durchlauf mit Biber mit folgendem Ergebnis:

    Code:
    Usage:
        biber [options] file[.bcf]
    
          Creates "file.bbl" using control file "file.bcf" (".bcf" extension is
          optional). Normaly use with biblatex requires no options as they are
          all set in biblatex and passed via the ".bcf" file
    
          Please run "biber --help" for option details
    Wenn ich dann pdfLaTeX ein paar mal durchlaufen lasse, steht in der Konsole immer folgende Fehlermeldung (-en):

    Code:
    LaTeX Warning: Empty bibliography on input line 1163.
    
    LaTeX Warning: There were undefined references.
    
    Package biblatex Warning: Please (re)run Biber on the file: Dissertation20130705 and rerun LaTeX afterwards.
    Eine entsprechende .bcf ist imVerzeichnis zu finden, nicht jedoch die .bbl und die .blg. Beide werden wiederum erstellt, wenn ich es malversuchsweise mit Bibtex versuche, aber das nur nebenbei.

    Kann es was mit meinen Einstellungen am Editor (TexWorks) zu tun haben? Habe Biber zwar eingebunden, aber unter dem Feld für den Pfad gubt es noch ein Feld "Argument". Das habe ich freigelassen.
    Zudem werden in den Einstellungen manche Pfade nicht, wie üblich, mit Backslash("\"), sondern mit Slash ("/") angegeben. Ist das in Ordnung so?
    Desweiteren habe ich gelesen, dass es evtl. amfehlenden Perl liegen könnte, woraufhin ich mir ein runtergeladen habe, das nun auch in TexWorks eingebunden ist. Gut oder schlecht?

  8. #8
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    Klingt danach als würdest du einfach "biber" statt "biber datei" oder "biber datei.bcf" aufrufen. Du hast wahrscheinlich in der Konfiguration bei Argument das $basename entfernt.

  9. #9
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    Ja, das scheint ebenfalls mal wieder ein Schritt gewesen zu sein. Jetzt kommt nämlich folgendes nach dem Biber-Durchlauf:

    Code:
    INFO - This is Biber 1.5
    INFO - Logfile is 'Dissertation20130705.blg'
    INFO - Reading 'Dissertation20130705.bcf'
    WARN - Warning: Found biblatex control file version 2.4, expected version 2.3
    INFO - Found 176 citekeys in bib section 0
    INFO - Processing section 0
    INFO - Looking for bibtex format file 'masterbib.bib' for section 0
    INFO - Found BibTeX data source 'masterbib.bib'
    WARN - Entry D does not parse correctly
    WARN - Entry O does not parse correctly
    WARN - Duplicate entry key: 'O' in file 'masterbib.bib', skipping ...
    WARN - Duplicate entry key: 'O' in file 'masterbib.bib', skipping ...
    WARN - Duplicate entry key: 'O' in file 'masterbib.bib', skipping ...
    WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file 'C:\Users\Steffen\AppData\Local\Temp\V4KngLYOkp\masterbib.bib_5320.utf8', skipping ...
    WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file 'C:\Users\Steffen\AppData\Local\Temp\V4KngLYOkp\masterbib.bib_5320.utf8', skipping ...
    WARN - Invalid or undefined BibTeX entry key in file 'C:\Users\Steffen\AppData\Local\Temp\V4KngLYOkp\masterbib.bib_5320.utf8', skipping ...
    WARN - Possible typo (case mismatch) between citation and datasource keys: 'RUEGER2009' and 'Rueger2009' in file 'masterbib.bib'
    WARN - BibTeX subsystem: C:\Users\Steffen\AppData\Local\Temp\V4KngLYOkp\masterbib.bib_5320.utf8, line 2208, warning: possible runaway string started at line 2201
    ERROR - BibTeX subsystem: C:\Users\Steffen\AppData\Local\Temp\V4KngLYOkp\masterbib.bib_5320.utf8, line 3978, syntax error: found "ngelillo2011", expected ","
    INFO - WARNINGS: 11
    INFO - ERRORS: 1

  10. #10
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    Das heißt, dass es diverse Fehler in der bib-Datei gibt (falsche Klammern u.ä.).

  11. #11
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    Hallo zusammen,
    Ich habe nun leider selbiges Problem. Ich verwende Texlive2013, Win8, den Editor weiß ich nicht. Und Jabref also bibtex für meine Literatur. Vor ein paar Wochen habe ich es noch getestet und ging und heute habe ich dieselbe ANtwort bekommen:
    The top-level auxiliary file: diss.aux I found no \bibdata command---while reading file diss.aux I found no \bibstyle command---while reading file diss.aux (There were 2 error messages)

    Ich würde mich freuen was einer eine Lösung weiss. Danke

  12. #12
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    biblatex

    Hi, Steffen, Deinen Supermaxicode hat es in sich. Von diesen Dingen habe ich mein ganzes Leben nie etwas gehört. Alle Achtung! Sollte ein Problem bestehen, kam durch Entschlacken dieses zustande:

    guenther h. klein

  13. #13
    Registrierter Benutzer Avatar von rais
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    Moin moin,
    Zitat Zitat von Thimi Beitrag anzeigen
    The top-level auxiliary file: diss.aux I found no \bibdata command---while reading file diss.aux I found no \bibstyle command---while reading file diss.aux (There were 2 error messages)
    wenn Du das biblatex-Paket nutzt, lädst Du wohlmöglich zusätzlich ein Paket, das biblatex in die Suppe spuckt.
    Wenn Du das biblatex-Paket nicht nutzt, dann erstellst Du besser einen neuen Thread mit nachvollziehbarem Minimalbeispiel.
    Denkbar wäre jedenfalls, daß Du entweder \bibliographystyle + \bibliography nicht aufrufst oder der LaTeX-Lauf irgendwo vor \bibliographystyle/\bibliography abbricht -- mindestens ein Zitat hat noch den Weg in die .aux geschafft, sonst hättest Du auch
    Code:
    I found no \citation commands---while reading file wasauchimer.aux
    bekommen (und dann wäre es am Wahrscheinlichsten, daß Du biber statt bibtex verwenden solltest -- oder daß Du gar nichts zitierst).

    MfG
    Rainer
    There's nothing a good whack with a hammer won't fix!

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