Da du ziemlich viel am Satzspiegel schraubst, solltest du vielleicht nicht die KOMA-Script-internen Routine sondern ein externes Paket wie zum Beispiel geometry bemühen. Das erspart dir dann zum Beispiel solche Holzhammermethoden wie BCOR=8em.
In deinem Code habe ich zunächst mal alle Pakete rausgenommen, die nicht Satzspiegel/Gliederungs-relevant sind. Von den verbliebenen sollte auf jeden Fall typearea, aber auch marginnote auskommentiert werden.
Außerdem habe ich alle Optionen der Dokumentenklasse, die den Satzspiegel beeinflussen, auskommentiert, damit sie bei den manuellen Einstellungen nicht dazwischen pfuschen. Auch twoside ist bei dem angestrebten asymmetrischen Layout nicht erstrebenswert.
Ich habe nun mittels geometry neue Ränder definiert. Da du scheinbar auch lange subsubsections hast, habe den Platz für diese auf 3cm erhöht. Plus 2cm optischen Rand (wie rechts) macht das dann 5 cm für den linken Rand. marginparwidth und marginparsep sind so gewählt damit auch die Ausrichtung der Kopf/Fußzeilen mit scrpage2 stimmt. (-3cm) ist dann auch der zusätzliche Einzug bei titlespacing für die oberen Gliederungsebenen. Bei subsubsection gibt es Platz für 2.5cm plus 0.5cm Abstand zum Text (inkl. 0.2ex elastischem Spielraum). Damit auch bei kurzen Absätzen der vertikale Abstand stimmt, wird mindestens ein Zeilenabstand (baselineskip) eingefügt. Falls auch die 3cm (2.5cm) nicht lang genug sind, kannst du auch der erste Wort trennen lassen, in dem du ein \hspace{0pt} (ein "Wort" mit null pt Breite) am Zeilenanfang einfügst.
Code:
\documentclass[
paper=a4
,parskip
,abstract=off
%,DIV=14 % brauchen wir nicht, da jetzt geometry den Satzspiegel macht
%,BCOR=8em % wichtig, damit Marginalien schön aussehen <- Holzhammer !!!
%,mpinclude
,listof=numbered % Abbildungsverzeichnis und Tabellenverzeichnis im toc
%,twoside % nicht empfehlenswert bei dem gewünschten Layout
%,titlepage
]{scrartcl}
%%%%%%%%% geladene Pakete
\usepackage[utf8]{inputenc} % besser utf8 statt utf8x http://tex.stackexchange.com/a/13070/17198
\usepackage[ngerman]{babel}
%\usepackage[fulladjust]{marginnote}
%\usepackage{typearea} % doppelt unnötig, im Original hast du bereits ein KOMA-Klasse,
% jetzt arbeiten wir mit geometry
\usepackage[nobottomtitles]{titlesec}
\usepackage{tgheros}
\usepackage{tgtermes}
\usepackage[T1]{fontenc}
% eigene Layout-Definition
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper, left=5cm, right=2cm, top=2cm, bottom=3cm, marginparwidth=3cm, marginparsep=0pt}
%Diverses
\usepackage{blindtext} % Blindtext in Beispielen / Vorlagen
%%%%%%%% EINSTELLUNGEN
% Überschriften
\titleformat{\section}
{\bfseries\sffamily\Large}
{\thesection}{1em}{}[\titlerule]
\titlespacing*{\section}{-3cm}{*1}{*1}
\titleformat{\subsection}
{\bfseries\sffamily\large}
% {\thesubsection}{1em}{}[\titlerule]
{\thesubsection}{1em}{}[]
\titlespacing*{\subsection}{-3cm}{*1}{*1}
%subsubsection wird als marginnote gestylt!
\titleformat{\subsubsection}[leftmargin]
{%\vspace{0.2em}%
\bfseries\sffamily\footnotesize}
{}{0em}{}
\titlespacing{\subsubsection}
{2.5cm}{1\baselineskip plus .5ex minus .5ex}{0.5cm plus 0.2ex minus 0.2ex}
%Inhaltsverzeichnis (Marginalien, die Subsubtitles sind, sollen nicht ins toc
\setcounter{tocdepth}{2}
%Kopfzeile
\usepackage[automark]{scrpage2}
\automark[section]{section}
\setheadwidth[-3cm]{textwithmarginpar} % angepasste Werte
\setfootwidth[-3cm]{head}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadings
\ohead{\rightmark}
\ihead{R. Haymoz, F. Hochstrasser, S. Kogler}
%\chead{\automark}
\ifoot{hier wäre ein Bild}
\cfoot{}
\ofoot{\pagemark}
%Titelseite
%%%%%%%%%%%%%%% ENDE EINSTELLUNGEN
\begin{document}
\titlehead{\raggedleft HS 2012/13 \\p15-u21}
\subject{Praktikum BlaBla}
\title{Versuch}
\author{Florian Hochstrasser}
\maketitle
\tableofcontents
\section{Einleitung}
\subsection{Grundlagen}
\subsubsection{Test für Marginnote mit einem längeren Text}\blindtext
\subsubsection{Eine lange Marginalie mit wenig Text im Absatz.} wenig text.
\subsubsection{Die nächste Marginalie}\blindtext
\blindtext
\section{Theorie}
\subsubsection{Einlangeswort dasproblememacht}\blindtext
\subsubsection[Einlangeswortdasproblememacht]{\hspace{0pt}Einlangeswortdasproblememacht}\blindtext \blindtext
\begingroup
\renewcommand*\section{\subsection}
\listoffigures
\listoftables
\endgroup
\section{Quellen}
\section{Anhang}
\end{document}
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