Du musst einfach nur noch \thesection umdefinieren, das wird dann für alle tieferen Ebenen übernommen:
Code:
\documentclass{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{blindtext}
\setcounter{secnumdepth}{5}
\setcounter{tocdepth}{5}
\renewcommand{\thechapter}{\Roman{chapter}}
\renewcommand{\thesection}{\arabic{section}}
\begin{document}
\tableofcontents
\chapter{Chapter}
\blindtext
\section{Section}
\blindtext
\subsection{Subsection}
\blindtext
\subsubsection{Subsubsection}
\blindtext
\paragraph{Paragraph}
\blindtext
\subparagraph{Subparagraph}
\blindtext
\end{document}
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