Bei einem Umstieg auf biblatex kannst du in der bib-Datei das Feld shortauthor ergänzen; diese Feld wird nicht nur bei Autor-Titel-Stilen für Zitate im Text benutzt, sondern dient auch als Grundlage für die bei alphabetischen Stilen verwendeten Kürzel. (Und für "Sortiernotfälle" gibt es das Feld sortkey.)
Code:
\documentclass{article}
\usepackage[latin9]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[style=alphabetic]{biblatex}
\usepackage{csquotes}
\usepackage{filecontents}
\begin{filecontents}{\jobname.bib}
@misc{Bay09,
author = {{Bayerisches Landesamt für Umwelt}},
shortauthor = {LFU},
year = {2009},
title = {Sortieren nach Kürzel},
}
@misc{Eut09,
author = {Euthor, E.},
year = {2009},
title = {Zwischen Bayern und LFU},
}
\end{filecontents}
\bibliography{\jobname}
\begin{document}
Ein bisschen Text \autocite{Bay09}. Und noch ein wenig Text \autocite{Eut09}.
\printbibliography
\end{document}
lockstep
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