Könnte es sein, dass du zu spät auf \pagestyle{scrheadings} umschaltest? Solange du das nicht getan hast, verwenden Kapitel- und Verzeichnisanfangsseiten nämlich den Seitenstil plain. Nach der Umschaltung benutzen solche Seiten den Stil scrplain, und dieser (und nicht plain!) wird vom optionalen Argument von \ofoot beeinflusst.
Code:
\documentclass{scrreprt}
\usepackage[latin9]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[automark]{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}% rechtzeitig
\clearscrheadfoot
\ohead{\headmark}
\ofoot[\pagemark]{\pagemark}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\pagenumbering{Roman}
\tableofcontents
\clearpage
\pagenumbering{arabic}
% \pagestyle{scrheadings}% zu spät
\blinddocument
\end{document}
lockstep
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