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Thema: Streameditor und Zeilenumbruch

  1. #1
    unknown_spirit
    Gast

    Post Streameditor und Zeilenumbruch

    Ich habe ein Problem mit dem Streameditor, er entfernt mir den Zeilenumbruch in der ersten Zeile der ersten Sequenz nicht. Nachfolgende Zeilen und Sequenzen werden wie gewünscht bearbeitet.
    Hier die Datei:
    http://www.cibiv.at/~ingo/Brno/data/.../SACCE_prot.fa
    Hier der Befehl:
    sed -i '{:q;N;s/\(^[A-Z].*[A-Z]\)\n\([A-Z]\|\*\)/\1\2/g;t q}' Output/SACCE_prot.fa

    Das Ergebnis sieht so aus:
    >YAL034C|YAL034C
    MGLYSPESEKSQLNMNYIGKDDSQSIFRRLNQNLKASNNNNDSNKNGLNM SDYSNNSPYG –Hier die beanstandete Stelle
    RSYDVRINQNSQNNGNGCFSGSIDSLVDEHIIPSPPLSPKLESKISHNGS PRMASSVLVGSTPKGAVENVLFVKPVWPNGLSRKRYRYATYGFLSQYKIF SNLAQYSKNIINRYNNLAYNARHKYSKYNDDMTPPPLPSSSSRLPSPLAS PNLNRQARYNMRKQALYNNNLGKFESDTEWIPRKRKVYSPQRRTMTTSPH RAKKFSPSSTPHTNIASIEAIHDAPQYIPNVSWKKLPDYSPPLSTLPTDS NKSLKIEWKGSPMDLSTDPLRNELHPAELVLAQTLRLPCDLYLDSKRRLF LEKVYRLKKGLPFRRDAQKACRIDVNKASRLFQAFEKVGWLQDSNFTKYL *
    >YAL068W-A|YAL068W-A
    MHGTCLSGLYPVPFTHNAHHYPHFDIYISFGGPKYCITALNTYVIPLLHH ILTTPFIYTYVNITEKSPQKSPKHKNILLFNNNT*
    .
    .
    .
    Kennt jemand den Grund für dieses Verhalten?
    MfG,
    unknown_spirit
    Geändert von unknown_spirit (16-02-2010 um 22:33 Uhr)

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