Mit pdflatex solltest du eher pdflscape benutzen. Abgesehen davon, musst du damit leben: Zitat Heiko: "Innerhalb von Rotierungen/Skalierungen sind Linkbereiche und Linkziele bei pdfTeX leider immer deplaziert, da pdfTeX bei der Berechnung der Bereiche nichts von der Rotierung/Skalierung mitbekommen hat. Die Deplazierung beschränkt sich aber auf die Seite."
Oder du verzichtest auf landscape und änderst die Seitenmaße (+evtl. Textbreite usw):
Code:
\documentclass[a4paper,12pt,oneside]{scrbook}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{array}
\usepackage{booktabs}
\usepackage{hyperref,lipsum}
\hypersetup{pdfborder= 0 0 0}
\begin{document}
\listoftables
\clearpage
\begingroup
\thispagestyle{empty}
\pdfpagewidth=\paperheight
\pdfpageheight=\paperwidth
\begin{table}
\footnotesize \centering \begin{tabular}{ccc}
\toprule
A1 & A2 & A3 \\
\midrule
B1 & B2 & B3 \\
\bottomrule
\end{tabular}
\caption{VerweisKlapptNicht}
\end{table}
\clearpage
\endgroup
\begin{table}[p] \footnotesize \centering \begin{tabular}{ccc}
\toprule
A1 & A2 & A3 \\
\midrule
B1 & B2 & B3 \\
\bottomrule
\end{tabular}
\caption{VerweisKlappt}
\end{table}
\end{document}
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