Hallo Andres,
[-s irgendwas.ist] ist ein optionaler Parameter für das externe Programm `makeindex[.exe]´.
Eigentlich frage ich mich gerade, warum Du nicht Deine benötigten Dateien (Vorlage.tex, mkidx.ist und ein README) in ein hübsches Archiv packst; in so einem README kannst Du doch immer noch vorgeben, was mit welcher Datei zu geschehen hat.
Da Indexstile etwas anders gesucht werden, als z. B. .sty-Dateien -- und ich nicht die leiseste Ahnung habe, wo dies auf Deinem System der Fall sein könnte: öffne mal eine Konsole/Eingabeaufforderung, begib Dich ggf. per `cd´ in Dein Arbeitsverzeichnis und tipp
das sollte Dir eine Pfadliste ausspucken, unter denen Indexstildateien gesucht -- und auch gefunden -- werden, d. h. Du kannst Deine `mkidx.ist´ in einem dieser Pfade unterbringen (vorzugsweise lokal), texhash aufrufen und von nun an `makeindex -s mkidx.ist (..)´ aufrufen und Dir sicher sein, daß `mkidx.ist´ auch gefunden wird.Code:kpsewhich -show-path=ist
keine Ahnung, aber wenn Du sie nicht haben willst: AFAIK gibt es beim TexnicCenter so einen Knopp für ``Projekt aufräumen´´.
MfG,
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