Chemfig

Liebes Forum,

wie bekomme ich die linke Formel oben orientiert?
wie bringt man alle Beschriftungen auf gleiche Höhe?

Liebe Grüße und vielen Dank!

Code:

---

\documentclass[ngerman]{scrbook}
\usepackage{xltxtra}
\usepackage{libertineotf}
\usepackage{babel}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{titletoc}

\begin{document}

\schemestart
\footnotesize\chemname{\chemfig{R-[6]N(-[5]H)-[7]H}}{Aminorest}
\chemsign{+}
\chemname{\chemfig{[2]{CH_2OH}-{{(CH_2OH)}_4}
-C(-[3]H)=[1]OH}}{Glukose}
\arrow{<=>[\footnotesize\libertineGlyph{minus}H\textsubscript{2}O][\footnotesize{+H\textsubscript{2}O}]}
\footnotesize\chemname{\chemfig{R-[6]N=[6]C(-[4]H)-[6]C(-[0]OH)(-[4]H)-[6]{{(CH_2OH)}_3}-[6]{CH_2OH}}}{Schiffsche Base}
\footnotesize\arrow{<=>}
\footnotesize\chemname{\chemfig{R-[6]N(-[4]H)-[6]C(-[4]H)(-[0]H)-[6]C(=[0]O)-[6]{{(CH_2OH)}_3}-[6]{CH_2OH}}}{Amadori-Produkt}
\schemestop

\end{document}

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Zitat:

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Zitat von ElGato

wie bekomme ich die linke Formel oben orientiert?

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Ich konnte aus der Frage leider nicht ablesen, wie Du die Orientierung gerne hättest. Zwischen zwei Pfeilen (oder auch außerhalb eines Schemas) bestimmt das erste Atom einer Formel die Basislinie. Wenn Du also weißt, welche beiden Atome auf der gleichen Höhe liegen sollen, kannst Du das ausnutzen.

Ein chemisches Übrigens: in der Schiffbase sollten die Bindungen von C zu C gehen und nicht von Gruppe zu Gruppe...

Ich würde wohl was in der Art machen:

Code:

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\documentclass[ngerman]{scrbook}
\usepackage{xltxtra}
\usepackage{libertineotf}
\usepackage{babel}
\usepackage{chemfig}
\usepackage[version=3]{mhchem}

\begin{document}

\begin{center}
\footnotesize
\schemestart
 \chemfig{N(-[2]R)(-[5]H)-[7]H}
 \+
 \chemfig{[6]C(-[3]H)(=[1]OH)-[,,,2]{(}CH_2OH{)}_4-[,,2]C|H_2OH}
 \arrow(.15--){<=>[$-\ce{H2O}$][$+\ce{H2O}$]}
 \chemfig{[6]R-N=C(-[4]H)-C(-[0]OH)(-[4]H)-[,,,2]{(}CH_2OH{)}_3-[,,2]C|H_2OH}
 \arrow{<=>}
 \chemfig{[6]R-N(-[4]H)-C(-[4]H)(-[0]H)-C(=[0]O)-[,,,2]{(}CH_2OH{)}_3-[,,2]C|H_2OH}
 \arrow{0}[-90,.2] Amadori-Produkt
 \arrow{0}[180] Schiffsche Base
 \arrow{0}[180,1.5] Glukose
 \arrow{0}[180,.7] Aminorest
\schemestop
\end{center}

\end{document}

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Grüße

Hallo cgnieder,

vielen Dank für Deine Hilfe!
Ich war heilfroh grob chemfig anwenden zu können, nun gibt es auch noch mhchem :confused:
Hauptsache es funktioniert :)

Ursprünglich wollte ich die R (in der Aminogruppe) immer ganz oben haben, damit es nicht in der ersten Formel "mittig" ist und dann immer oben erscheint, aber so ist es auch okay.

Was ich nicht ganz verstanden habe:

Zitat:

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Ein chemisches Übrigens: in der Schiffbase sollten die Bindungen von C zu C gehen und nicht von Gruppe zu Gruppe...

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Eine letzte Frage habe ich noch:
Wenn ich einen Schlagschatten um das Bild einfüge, schaffe ich keinen \bigskip mehr und ich habe keine Ahnung, wie ich das trotzdem erreichen kann :o

Code:

---

\documentclass{scrbook}
\usepackage{xltxtra}
\usepackage{pst-blur} % Schlagschatten
\usepackage{chemfig}
\usepackage{titletoc}

\begin{document}

\begin{figure}
\footnotesize
\psset{framesep=15pt,linewidth=0.1pt,blursteps=120}
\psblurbox{
\chemname{\chemfig{H_3C-[:30]C(=[2]O)-[:-30]C(=[6]O)-[:30]H}}{Methylglyoxal} \qquad
\chemname{\chemfig{C(=[:+150]O)(-[:-150]H)-C(-[:+30]H)=[:-30]O}}{Glyoxal}
\bigskip
{\chemname{\chemfig{OH-[:-30](=[6]O)-[:30]-[:-30]N(-[6]H)-[:30]-[:-30]-[:30]-[:-30]-[:30](<:[2]NH_2)-[:-30](=[:30]O)(-[6]OH)}}{N(6)-Carboxymethyllysine}}
}
\caption{Beispiele für verschiedene advanced glycated end products (AGEs).}\label{AGEs}
\end{figure}

\end{document}

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Vielen Dank und liebe Grüße!

Zitat:

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Zitat von ElGato

Ich war heilfroh grob chemfig anwenden zu können, nun gibt es auch noch mhchem :confused:

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Es gäbe da auch noch meine chemmacros... :)

Zu der chemischen Anmerkung: die Bindungen verbinden ja in Wirklichkeit konkrete Atome, in diesem Fall Kohlenstoffe. Das sollte in der Formel so auch wiedergegeben werden, d.h. die Bindungen beginnen und enden am C in „CHOH“ (das ja selbst nur eine Kurzform von „H-C-O-H“ ist). Also:

Falsch: \chemfig{-C(-[6}{OH})-} Richtig \chemfig{-C(-[6]O|H)-}

Warum \psblurbox nicht funktioniert, weiß ich nicht, aber ich hätte eine Alternative anzubieten:

Code:

---

\documentclass{scrbook}
\usepackage{xltxtra}
\usepackage[framemethod=pstricks]{mdframed}
\usepackage{pst-blur}
\mdfsetup{
  pstricksappsetting={%
    \addtopsstyle{mdfshadow}{
      shadowsize=5pt,
      blur=true,
      blursteps=120}}
}
\usepackage{chemfig}
\usepackage{titletoc}

\begin{document}

\begin{figure}
 \footnotesize
 \begin{mdframed}[shadow=true]\centering
  \chemname{\chemfig{H_3C-[:30]C(=[2]O)-[:-30]C(=[6]O)-[:30]H}}{Methylglyoxal} \qquad
  \chemname{\chemfig{C(=[:+150]O)(-[:-150]H)-C(-[:+30]H)=[:-30]O}}{Glyoxal}

  \chemname{\chemfig{OH-[:-30](=[6]O)-[:30]-[:-30]N(-[6]H)-[:30]-[:-30]-[:30]-[:-30]-[:30](<:[2]NH_2)-[:-30](=[:30]O)(-[6]OH)}}{N(6)-Carboxymethyllysine}
 \end{mdframed}
 \caption{Beispiele für verschiedene advanced glycated end products (AGEs).}\label{AGEs}
\end{figure}

\end{document}

---

Grüße