DNA-Sequenz in LaTex

[surivatled]

Moin moin.

Ich schreibe gerade an meiner Masterarbeit und habe - natürlich - ein Problem.
Und zwar möchte ich eine DNA-Sequenz ins Dokument schreiben... und das soll dann auch noch halbwegs ansehnlich aussehen.

Die DNA-Sequenz ist knapp 2000 Zeichen lang und besteht nur aus den Buchstaben A, C, T und G. Zusätzlich zur DNA-Sequenz soll über der Sequenz noch die Aminosäure-Übersetzung dargestellt werden. Da ich glaube, daß sich nicht jeder damit auskennt, schreib ich mal ein Beispiel hin, wie´s aussehen soll:

-----P-----T-----A-----P-----A----M
1---act---gat---atg---ctg---att---gca

-----S-----L-----H...
19--agt---ccc---gtg...

(denkt euch die Bindestriche bitte weg; ich hab´s nur ohne die Dinger nicht richtig dargestellt bekommen)

Wie ihr seht, soll zu Beginn einer Zeile immer stehen, an welcher Stelle der DNA-Sequenz man sich gerade befindet. Außerdem sollen immer jeweils 3 Buchstaben einen "Block" bilden... und über diesem Block soll dann auch noch jeweils, ein Buchstabe stehen (vll. zur Erklärung: der Buchstabe steht für eine Aminosäure; je drei Buchstaben (Basen) der DNA-Sequenz verschlüsseln für eine Aminosäure).
Das Problem ist nun, beide Buchstaben-Folgen aneinander anzupassen...also so, daß das "T" im Beispiel auch mittig über "gat" steht. Außerdem wär´s schön wenn die Nummerierung und der Zeilenumbruch automatisch klappen.

Hab mir zu dem Problem schon die Pakete alltt, dnaseq und seqsplit angeguckt... aber das Gelbe vom Ei sind die alle nich.

Weiß vll jemand eine Lösung? (möglichst einfach, da es nicht die einzige Sequenz ist, die ich habe und bei mehreren zeichenfolgen à 2000 Zeichen, es extrem aufwendig wäre, alles per Hand zu formatieren).

Danke schonmal im Voraus

[u_fischer]

Vielleicht geht es mit texshade.

[cookie170]

Im thematischen Katalog gibt's noch mehr Pakete:

http://texcatalogue.sarovar.org/bytopic.html#biology

Gruß,
Alexander

[surivatled]

Danke, mit textshade sollte es wirklich gehen, zumindest steht es drin.... nur kriege ich es nicht hin:confused:

Hier mal n "Beispiel":

\documentclass{article}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
\begin{texshade}{Sequenz1}
\hideconsensus
\end{texshade}
\end{document}

...so wie´s da steht klappt das wunderbar; die Datei Sequenz1.tex wird eingelesen und relativ ansehnlich ausgegeben.
Nur habe ich keinen Schimmer, wo im Code ich jetzt die Option {translate} unterbringen soll. Hab´s mit \feature{translate} versucht, aber das scheint ihm nicht genug zu sein.

[Legion]

Muss die Sequenz im Text stehen? Ich habe meine in den Anhang gepackt. Ich arbeite mit GenTl. Da kann ich Sequenzen mit Aminosäuresequenz in unterschiedlichen Frames und sogar mit eingezeichneten Features (Promotor, etc. ....) als .pdf speichern. Mittels
\usepackage{pdfpages} und
\includepdf[width=1.00\textwidth]{dein.pdf} kann man bequem pdfs ins Dokument einbinden.

Gruß

[cookie170]

Hallo,

das Handbuch zu texshade ist schlecht gegliedert, was Du suchst, steht erst auf S. 62:


...
Nur habe ich keinen Schimmer, wo im Code ich jetzt die Option {translate} unterbringen soll. Hab´s mit \feature{translate} versucht, aber das scheint ihm nicht genug zu sein.

\feature hat fünf Klammerpaare, von denen Du keines weglassen kannst:


\feature{ position }{ seqref }{ selection }{ labelstyle }{ text }

Lies das dort, damit funktionierts bestimmt . . .

Gruß,
Alexander

[surivatled]

Sorry für die späte Antwort... hatte die letzten Tage leider anderes zu tun - egal.

Danke für den Hinweis cookie170. Musste mehrmals im Manual hin- und herspringen bis ich alles beisammen hatte.... bin zwar noch nicht 100%ig zufrieden, aber hab´s grundsätzlich erstmal geschafft;


\documentclass{article}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
\begin{texshade}{Sequenz1}
\feature{top}{1}{16..152}{translate}{}
\hideconsensus
\end{texshade}
\end{document}

Angezeigt wird jetzt die DNA-Sequenz mit der entsprechenden Aminosäure-Übersetzung, für die Basen 16 bis 152, dadrüber.
Jetzt muss ich es nur noch schaffen, die Schrift zu ändern und die blaue Hinterlegung der Sequenz zu entfernen... aber das kommt später :)

Vielen Dank nochmal für die Hilfe