Dein \multirow Eintrag ist zu hoch. Vermutlich wirst Du die Tabelle händisch anpassen müssen, beispielsweise indem Du eine weitere Zeile mit einer unsichtbaren Stütze passender Höhe einfügst:

Code:
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\documentclass[11pt,paper=a4,landscape]{scrartcl}
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\usepackage{booktabs}
\usepackage{multirow}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\begin{table}[htb!]
  \begin{tabularx}{\linewidth}{XXX}
    \toprule
    Text & Text & Text \\
    \midrule
    \multicolumn{2}{c}{Überschrift 1} & \multirow{5}{\hsize}{\parbox{\linewidth}{\blindtext}}\\
    \cmidrule{1-2}
    Text 1 & Text 2& \\
    \cmidrule{1-2}
    \multicolumn{2}{c}{Überschrift 2} &\\
    \cmidrule{1-2}
    Text 3&  Text 4& 
    \\
    \rule{0pt}{15.5\baselineskip}&\\
    \bottomrule
  \end{tabularx}
\end{table}
\end{document}