Hier ist das Minimalbeispiel. Aber wirklich nur einmal für den Neuling. Selber machen ist nicht nur fairer, sondern auch zielführender. Jetzt gucke ich mal, ob ich die Ursache für das Problem finden kann.

Code:
\documentclass{scrbook}
\usepackage{longtable}
\usepackage{multirow}
\usepackage{makecell}
\begin{document}

\setlongtables
\begin{longtable}{|p{75pt}|p{45pt}| p{75pt}|p{170pt}|}
\caption{\textbf{Einteilung der MMPs nach Gruppen mit Substratspezifit"at}}\\
\hline
\textbf{Gruppe} & \multicolumn{2}{|l|}{\textbf{Enzym}}& \textbf{Substrat}\\\hline
\multirow{4}{*}{Kollagenasen}&MMP-1&Interstitielle Kollagenase &Kollagen (Typ I, II, III, VII, VIII, X, XI), Gelatine, Aggrecan, Tenascin, Laminin, Fibronektin, Entactin, Vitronectin\\
&MMP-8& \makecell[l]{Neutrophile \\ Kollagenase} &Kollagen (Typ I, II, III), Aggrecan\\
&MMP-13&Kollagenase-3 &Kollagen (Typ I, II, III, IV, VI, IX, X, XIV)\\
&MMP-18& \makecell[l]{Xenopus \\ Kollagenase}&Kollagen (Typ I)\\\hline
\multirow{2}{*}{Gelatinase}&MMP-2&Gelatinase A&Kollagen (Typ I, II, III, IV, V, VII, X, XI), Gelatine, Elastin, Laminin, Fibronektin, Proteoglykane, Tenascin, Vitronectin, Entactin, Aggrecan\\
&MMP-9&Gelatinase B&Kollagen (Typ IV, V, XI, XIV), Gelatine, Elastin, Proteoglykane, Vitronectin, Laminin, Aggrecan\\\hline
\multirow{3}{*}{Stromelysine}&MMP-3&Stromelysin 1&Kollagen (Typ III, IV, V, VII, IX, X, XI), Proteoglykane, Laminin, Gelatine, Elastin, Fibronektin, Tenascin, Vitronectin, Entactin, Aggrecan\\
&MMP-10&Stromelysin 2&Kollagen (Typ III, IV, V), Gelatine, Proteoglykane, Elastin, Laminin, Fibronektin\\
&MMP-11&Stromelysin 3&Kollagen (Typ IV), Laminin, Gelatine, Fibronektin\\\hline
\multirow{2}{*}{Matrilysine}&MMP-7&Matrilysin 1&Kollagen (Typ I, IV), Gelatine, Fibronektin, Elastin, Proteoglykan, Laminin, Tenascin, Vitronectin, Entactin, Aggrecan\\
&MMP-26&Matrilysin 2&Gelatine, Fibronektin, Vitronectin\\\hline
\multirow{6}{*}{\makecell[l]{Membran- \\ st"andige MMPs}}&MMP-14&MT1-MMP&Kollagen (Typ I, II, and III), Laminin, Gelatine, Fibronektin, Tenascin, Vitronectin, Entactin, Aggrecan, Perlecan\\
&MMP-15&MT2-MMP&Laminin, Fibronektin, Tenascin, Entactin, Aggrecan, Perlecan \\
&MMP-16&MT3-MMP&Kollagen (Typ III), Gelatine, Fibronektin, Vitronectin, Laminin\\
&MMP-17&MT4-MMP&Gelatine\\
&MMP-24&MT5-MMP&Fibronectin, Gelatine\\
&MMP-25&MT6-MMP&Kollagen (Typ IV), Fibronectin, Gelatine\\\hline
\multirow{7}{*}{Andere}&MMP-12&Makrophagen Elastase&Kollagen (Typ I, IV, V), Gelatine, Elastin, Fibronektin, Entactin, Vitronectin, Osteonectin, Aggrecan\\
&MMP-19&RASI-1&Kollagen (Typ IV), Gelatine, Laminin, Fibronektin, Entactin, Aggrecan\\
&MMP-20&Enamelysin&Amelogenin, Aggrecan\\
&MMP-21&XMMP&Gelatine\\
&MMP-23&CA-MMP&Gelatine\\
&MMP-27&CMMP&Gelatine\\
&MMP-28&Epilysin&\\\hline
\label{MMP}
\end{longtable}
\end{document}
PS: Muss es unbedingt so eine "Gitter"-Tabelle mit senkrechten Linien sein? Die sind heutzutage eigentlich ziemlich verpönt und gelten als hässlich.