Falls Du meist, wo du die jar-Dateien installieren musst, damit die Methoden von java gefunden werden, ohne dass per Option -cp der Suchpfad zu den jar-Dateien angegeben wird: AFAIK im classpath. Der hängt von der jeweiligen Java-Installation ab. Wenn $CLASSPATH nicht gesetzt ist, kannst Du mal schauen, ob $JAVA_ROOT existiert. Dann kann man AFAIK beispielsweise unter $JAVA_ROOT/lib/ext zusätzliche jar-Dateien ablegen. Sonst schau nach, ob einer der Pfade in $CLASSPATH geeignet ist. Natürlich kann man $CLASSPATH auch selbst passend erweitern.

Aber genau genommen ist es meist ohnehin komfortabler einen Wrapper zu verwenden. Das gilt insbesondere dann, wenn die jar-Dateien gar nicht von allgemeinem Interesse sind. Deshalb ist ja auch pdfannotextractor.pl bei pax dabei. Das ist auch deshalb sinnvoll, weil pax ja nicht die aktuelle Version von PDFBox verwendet, also es eher unpraktisch wäre, wenn die von pax benötigte Version allgemein installiert würde.

BTW: pax selbst finde ich auch keinen sehr glücklichen Namen, weil es bereits pax gibt. Solange der Wrapper nicht ebenfalls pax sondern pdfannotextractor heißt, ist das aber immerhin kein Problem.