Eine Möglichkeit wäre
Code:
\usepackage{etoolbox}
\patchcmd\headrule{\hrule}{\color{purple}\hrule}{}{}
\patchcmd\footrule{\hrule}{\color{orange}\hrule}{}{}
nach dem Laden von fancyhdr. Das ist jetzt ungetestet, da Du kein Minimalbeispiel angegeben hast und damit u.a. Deine Dokumentenklasse unbekannt ist.
Einfacher wird das, wenn Du statt fancyhdr das Paket scrlayer-scrpage verwendest. Für den Fall, dass Du mit einer KOMA-Script Klasse arbeitest, würde sich das ohnehin empfehlen.
Code:
\documentclass{report}
\usepackage{xcolor}
\usepackage[automark,markcase=noupper,
headsepline,footsepline,plainfootsepline
]{scrlayer-scrpage}
\clearpairofpagestyles
\ofoot*{\pagemark}
\ohead{\leftmark}
\addtokomafont{pageheadfoot}{\footnotesize\color{darkgray}}
\addtokomafont{pagenumber}{\normalsize}
\addtokomafont{headsepline}{\color{purple}}
\addtokomafont{footsepline}{\color{orange}}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\Blinddocument
\end{document}
Gruß
Elke
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