Ist schon eine Weile her, aber...
Das ganze kommt soweit ich mich erinnere darauf an, was du beim Erstellen des Projektes angibst in Eclipse. Entweder verwaltet/erstellt Eclipse das Makefile selber (das scheint bei dir der Fall zu sein) oder es benutzt ein externes sonstwie von dir generiertes.
Ich könnte mir vorstellen, dass Eclipse separate Makefiles für Debug und Release generiert - kann sein, dass letzteres erst generiert wird wenn du in Eclipse mal ein Release-Build machen lässt.
Configure script hast du wohl erst mal keines, das gibt eigentlich nur wenn du dein Makefile von autoconf/automake generieren lässt (die Hölle, trotzdem aber quasi-Standard) und nicht von Eclipse. Genauso wie die meisten der "ganzen anderen ominösen Dateien".
Einige, darunter durchaus auch prominente Projekte (wie KDE 4) sind inzwischen von autconf/automake abgekommen und benutzen ander Buildsysteme. Zu einem grossen Teil ist das cmake; configure-scripts gibts in dem Fall keine mehr, manche Projekte liefern aber ein selbstgestricktes Fake-Configure-Script mit, weil sonst die User all zu verwirrt sind. ;-)
CMake ist auf jeden Fall moderner und einfacher als andere Systeme; habe ich schon mit Zufriedenheit für einige Projekte verwendet.
MfG Peschmä
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