Willkommen im Forum
Gleich ein Lob vorweg: Gutes Minimalbeispiel! Wenn du Fülltext brauchst, kannst du übrigens auch das Paket blindtext oder lipsum verwenden.
Das Problem bei deiner Nummerierung ist, dass du deine Formatierung für die Ausgabe in der Fusszeile machst, das ist das \thechapter.\pagemark
Fürs TOC wird aber offensichtlich der Zähler \thepage ausgelesen. Wenn du den umdefinierst, dann klappt es:
Code:
\documentclass[a4paper,oneside,12pt,fleqn]{scrbook}
\usepackage{scrpage2}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\rohead{\normalfont{\headmark}}
\newcommand{\franz}{Franz jagt im komplett verwahrlosten Taxi quer durch Bayern. 1234567890 }
\newcommand{\fran}{ \franz \newpage \franz \newpage \franz}
\begin{document}
\rofoot[\pagemark]{\pagemark}
\pagenumbering{Roman}
\tableofcontents
\clearpage
% Für die Fusszeile ist kein vorangestelltes \thechapter mehr nötig, da diese Formatierung jetzt direkt für den Zähler \thepage gemacht wird.
\rofoot[\normalfont{\pagemark}]{\normalfont{\pagemark}}
\pagenumbering{arabic}
% Hier wird \thepage neu definiert:
\renewcommand{\thepage}{\thechapter.\arabic{page}}
\chapter{Eins}
\section{eins.eins}
Hier ist ein Label \label{eins}\\
\fran
\section{eins.zwei}
\fran
\clearpage
\setcounter{page}{1}
\chapter{Zwei}
\section{zwei.eins}
\fran
\section{zwei.zwei}
\fran \\
\textbf{siehe auch Seite \ref{eins}}
\end{document}
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