Moin,
aha, dann geht es also eigentlich ausschließlich um die ${PDFLATEX}-Aufrufe? Das ist aber kein Problem des Makefiles mehr - im Target für main.pdf sind die PDFFILES ja nur als Prerequisites angegeben, sie werden also berücksichtigt, um herauszufinden, ob das Target überhauupt ausgeführt werden soll. Das Problem ist also höchstwahrscheinlich, dass ${PDFLATEX} die Dateien nicht findet.
Ich kenne mich mit dem Ding nicht aus - wie kriegt er denn mit, wo er die PDFs suchen soll?
Jan
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